D\'origine modeste, Don Wallace intègre un prestigieuse école qui semble abriter de dangereuses forces obscures.

Stillman, un étudiant en physique au cœur brisé, construit une machine à remonter le temps lorsque sa petite amie le quitte. En remontant dans le temps, il tente de sauver leur relation en corrigeant chaque erreur qu'il a commise en entraînant son meilleur ami dans le processus.

Dans un futur proche, une équipe spatiale s’envole à la conquête de Mars. Là-bas commence la vie extraordinaire de Gardner Elliot, premier enfant né sur la planète rouge qui grandi en côtoyant, en tout et pour tout, une dizaine de scientifiques et qui a pour seule amie Tulsa, une jeune terrienne avec qui il a tissé un lien interplanétaire grâce à internet. Lorsqu’il a enfin l’autorisation de venir sur Terre, malgré les risques pour sa santé, Gardner s’enfuit retrouver Tulsa. Son organisme n'est pas adapté à la gravité terrestre mais il est prêt à tout pour découvrir ce monde qui n’est pas le sien.

À la mort de son grand-père, Jacob découvre les indices et l’existence d’un monde mystérieux qui le mène dans un lieu magique : la Maison de Miss Peregrine pour Enfants Particuliers. Mais le mystère et le danger s’amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges pouvoirs …  et leurs puissants ennemis. Finalement, Jacob découvre que seule sa propre \"particularité\" peut sauver ses nouveaux amis.